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    栏目:最新研究动态 发布时间:2021-11-17
    作者开发了威廉希尔网址-官网首页用于记录细胞特异性 lncRNA 相关 ceRNA 网络。该数据库相关文章发表在......

    人类癌症是由具有不同表型、基因型和表观遗传状态的细胞组成的复杂生态系统。这种肿瘤内异质性是癌症治疗的主要障碍,也是大块肿瘤分析中的重要混杂因素。单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 技术是探索组织异质性和细胞变异性的有力手段 ,并提供前所未有的机会来解决越来越具有挑战性的生物学问题并了解癌症发展中涉及的非典型功能机制。目前,已经基于研究需求开发了许多单细胞测序数据库。目前的数据库主要关注基因表达,而在肿瘤内,细胞表现出由基因调控微调驱动的不同行为。因此,需要探索肿瘤中单细胞水平的基因-基因关联。

    越来越多的证据表明,LncRNA相关的竞争性内源RNAceRNA)调控与细胞命运的确定和各种人类疾病相关。虽然出现了一些包含ceRNA的数据库,有助于了解ceRNA介导的肿瘤调控过程,但仍缺乏专门用于解密单细胞内ceRNA介导的调控的数据库。

    基于以上背景作者开发了LnCeCell数据库用于记录细胞特异性 lncRNA 相关 ceRNA 网络。该数据库相关文章发表在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972)。



    LnCeCell 是对来自 25 种癌症的数千个细胞的细胞特异性 ceRNA 调控的整理,包括:1. 超过9000个实验支持的肿瘤转移、复发、预后、循环和耐药性的 lncRNA 生物标志物;2. 用于原发性、恶性和转移性癌细胞和免疫细胞的细胞特异性 ceRNA 网络;3. 从文献和相关数据来源手动输入的 ceRNA 亚细胞位置的详细信息;4. 不同细胞群的集群,表现出不同的行为,例如血管生成、细胞凋亡、细胞周期、侵袭、增殖和干性。



    LnCeCell 允许用户在单个细胞中探索 lncRNA 相关的 ceRNA 网络,并推断不同肿瘤微环境中的细胞状态和功能。LnCeCell 描述了来自 scRNA-seq 数据集的单个细胞的几个方面,包括 ceRNA 网络、功能状态、细胞聚类图等,并且 ceRNA 调控的特征包括以下信息:在不同细胞群中的分布、亚细胞定位、相关 ceRNA 邻居网络、功能富集、相关癌症标志、实验支持的 lncRNA 生物标志物以及各种癌症的生存分析。易于使用的界面允许搜索、浏览、可视化和下载数据。对于每个 scRNA-seq 数据集,LnCeCell 根据 ceRNA 表达谱将细胞分类为不同的细胞群,并提供细胞群的全局图。单击“ceRNA”时,用户需要输入一对 ceRNA(一个 mRNA 和一个 lncRNA)的基因名称或 Ensembl ID,以及用户希望探索的数据集。LnCeCell 将根据细胞的 ceRNA 发生情况将细胞分类为不同的细胞群,并提供细胞群的全局图。



    LnCeCell 提供了用户友好的搜索和浏览接口。此外,“主页”页面上提供了“快速搜索”界面,允许用户直接调查数据或执行分析。所有单细胞、lncRNAmRNA 和癌症生物标志物都可以在“浏览”页面上全面查看。单击“疾病”目录下列出的某个数据集,LnCeCell 将提供所有相关细胞的图表,其中每个细胞的大小和颜色随细胞中识别的 ceRNA 规则的数量而变化。单击图表中的每个单元格可以查看详细信息。为了进一步过滤结果表,LnCeCell 在数据表顶部提供了一个搜索框,允许用户使用关键字(例如某种类型的疾病或组织)获得更精确的结果。用户可以通过单击不同的列标题来重新排列数据表。点击“复制”、“Excel”、“CSV”和“PDF”按钮,可以灵活下载ceRNA和细胞的定制结果表。LnCeCell 中的所有数据都可以在“下载”页面上免费下载。