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    栏目:最新研究动态 发布时间:2021-11-23
    该数据库收集了72个单细胞数据集,共计25种人类癌症的41900个癌症单细胞,提供了这14种癌症相关功能状态......

    人类癌症是一种高度多样化和复杂的疾病,由具有不同遗传、表观遗传和转录状态的癌细胞组成,形成异质功能的癌细胞群,这是癌症诊断和治疗的主要障碍。例如,一些癌细胞具有高增殖活性,一些具有肿瘤侵袭性和转移能力,一些表现出干细胞样特性,而一些表现出“惰性”静止状态。这些功能异质的癌细胞在整个肿瘤进化过程中协同或竞争作用,导致不同的肿瘤表型。因此,全面、充分地了解癌细胞的功能状态至关重要。

    癌细胞的高功能异质性对癌症研究提出了重大挑战。单细胞测序技术为以单细胞分辨率破译癌细胞的不同功能状态提供了前所未有的机会,并且癌症 scRNA-seq 数据集已经大量积累。这强调了建立专用资源来解码癌症单细胞功能状态的迫切需要。因此,哈尔滨医科大学的肖云老师和他的团队开发了CancerSEA数据库,旨在全面解码癌细胞在单细胞水平上的不同功能状态。该数据库相关文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972)。

    该数据库包含25种人类癌症中的41 900个癌症单细胞,其中包括14种癌症相关功能状态。通过描述每个癌细胞的这些功能状态活动,CancerSEA提供了一个癌症单细胞功能状态图谱,并将蛋白质编码基因(PCG)和lncRNAs与这些单细胞水平的功能状态相关联,以促进对癌细胞功能差异的机理理解。

    首页如下图所示,首先就是肿瘤细胞不同状态,14种功能状态分别为干性、侵袭、转移、增殖、EMT、血管生成、凋亡、细胞周期、分化、DNA损伤、DNA修复、缺氧、炎症和静止)。该数据库收集了72个单细胞数据集,共计25种人类癌症的41900个癌症单细胞,提供了这14种癌症相关功能状态在不同癌症的单细胞功能状态的图谱,并在单细胞水平上将这些功能状态与18895条蛋白编码基因(PCGs)15571lncRNA关联起来。




    可以通过搜索界面探索自己感兴趣的基因,搜索基因后会显示显示查询的基因在不同癌症中跨14个状态的相关性,作为一个总览图,它既体现了基因在同一种癌症中对不同状态的促进和抑制作用,又体现了基因在同种状态中对不同癌症的影响。查询基因与某一癌症功能相关性,可以选择某一癌症进行基因与癌症相关性的分析,热图显示该基因与14种细胞功能相关性。还可以显示不同细胞亚群中的功能相关性。盒形图显示了用户选择的数据集细胞中基因或基因列表的表达分布情况。